至基因测序:自动化数据分析将成下一商机

行业百科发布时间:2021-09-21

基因测序:自动化数据分析将成下一商机 至基因测序:自动化数据分析将成下一商机

【中国化工仪器网 行业动态】

至基因测序:自动化数据分析将成下一商机

(图片来源于百度)

10几年前完成个人类基因组测序需要将近30亿美元。但是随着2代测序的发展,这个价格从几10亿美元下降至1千美元左右。自今年初国家卫计委发布《关于产前诊断机构展开高通量基因测序产前筛查与诊断临床利用试点工作的通知》以来,2代基因测序的热忱在产业和资本层面都被迅速点燃。

生物信息分析服务是具发掘潜力和盈利的环节

目前,国内的基因测序80%⑼0%的成果仍待在实验室;企业范围小、研发经费缺少已构成明确的产业链分工:上游为装备和耗材供应商,Illumina等少数外资凭仗技术垄断市场;中游为第3方测序服务供应商,需依赖装备投入、运营管理与终端保护开发,进入壁垒较低;下游为生物信息分析服务商,技术及产品范围要求较高。

目前国内医院或研究机构花很多钱去买测序仪,其中70的费用在测序步骤上。目前在国内竞争为剧烈的是测序服务供应商环节。但是随着测序技术的发展,测序难度和花费会不断下降,数据分析会变成大的瓶颈。生物信息分析服务是目前业界公认的具发掘潜力和盈利能力的环节,但目前国内还处于起步阶段。

如何处理NGS巨大数据量是大挑战

NGS给个性化医疗带来革命性的进展。在2015中国医疗器械高峰论坛上,德国凯杰公司亚太区总裁施来直接丈量桡度和应变晨阳博士对NGS数据自动化分析进行了深入分析。

NGS面临的挑战不是测序本身,而是如何获得样本和如何处理病人的样本?随着液态活检技术的发展,对样本的摄取和处理取得了突破性进展。那末如今NGS 面临的巨大挑战是甚么?不是价格,不是技术,而是对巨大数据量的处理,如何从巨大数据中获得临床指点是NGS的意义所在,也是NGS的大挑战。

施博士以美国Quest公司为例,指出NGS数据自动化分析的必要性。Quest是美国大的第3方检测公司,有2310个病理学家来解释测序数据,做病理报告。Quest认为根据测序工作量的增长,他们需要近3千个病理学家来分析数据,这说明基因测序结果临床评估工作量呈指数增长 ,因此自动化的数据分析是必定趋势。

自动化数据分析成为NGS下1个热门商机

从测序仪上得到的是基因变化的信息,但对临床医生来讲这其实不是具价值的。将测序仪上的信息转变成临床指点,对临床医生来讲才是具价值的。

如今随着测序技术的发展,自动化数据分析已成为必定。如何自动化分析NGS结果?测序结果的临床分类和报告逻辑主要由检测变异 变异注释 变异分类3个步骤,但是这3个步骤都需要自动化分析。

以临床变异分类为例,目前临床变异分类(与疾病的关联)通俗来讲可分为:无关联、有可能没有关联、怀疑有关联、完全有关联4种。变异分类比测序需要更多数据关联,例如需要与疾病数据库、医治数据库、病人家族史数据库相连,多领域数据关联性的需求使变异分类离不开自动化。但是目前国内很多公司提到测序,反应就是做测序仪,疏忽了自动化数据分析领域。目前国内自动化数据分析领域还处于空白阶段。

目前美国在该领域已有不同的软件包或产品可供使用。就不能采取此法对中国来讲,虽然进口了这些产品,但西方数据库是不是合适中国依然是个疑问。从中国该系列产品具有使用方便角度来看,我们可以用一样的技术手段,将中国病人的数据纳入数据库才有益于中国病人的医治。因此自动化数据分析将是中国NGS下1个热商机。